但公司扣了我全天工资，这合法吗？

不合法。公司无权因你请半天假扣全天工资。《劳动法》规定，工资分配应遵循按劳分配原则，公司扣工资需有合理依据，否则构成克扣工资。若公司坚持此举，可能面临法律纠纷及赔偿。
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处理方式有协商、投诉、仲裁。可先与公司协商，协商不成向劳动监察部门投诉，仍无法解决则申请劳动仲裁。选择时需考虑效率与成本，仲裁为最终法律手段。
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不合法。处理方式：1.与公司沟通，说明请假情况，要求按实际请假时间扣工资；2.若沟通无果，向劳动监察大队投诉，提供请假证据；3.如问题仍未解决，申请劳动仲裁，需准备相关证据材料，如请假条、工资单等，以证明公司克扣工资。